Умный микроскоп

Александр Гурьянов
(«ХиЖ», 2022, №10)

Флуоресцентный микроскоп позволяет собирать уникальные данные о процессах, происходящих в живых объектах. Однако негативное влияние возбуждающего флуоресценцию излучения на биологические объекты не позволяет долго наблюдать за ними, то есть ограничивает скорость и длительность получения изображений. А между тем микроскопия способна фиксировать редкие биологические события, которые особенно интересны исследователям, но сделать это непросто. К примеру, для детального наблюдения за делением бактерий биологу придется долго подкарауливать момент его начала, а затем часами следить за процессом.

Можно было бы настроить микроскоп на режим максимально частой автоматической съемки, но постоянное возбуждение флуоресценции может повредить биообъекты. Очевидно, что оптимальный путь применения флуоресцентной микроскопии состоит в использовании ИИ, который будет выявлять признаки начала изучаемых процессов и затем в оптимальном режиме проведет тщательную съемку.

Именно так поступили ученые Федеральной политехнической школы Лозанны во главе с доктором Сулианой Мэнли (Suliana Manley) из лаборатории экспериментальной биофизики, которые нашли способ автоматизировать микроскоп при минимальном воздействии на образец. Их программа комбинирует медленное фоновое получение изображений и частую фиксацию явлений в моменты их развития.

Доктор Мэнли сравнивает свою методику с беспилотным автомобилем, которому нужно отслеживать слабые сигналы и по ним принимать решения о резких маневрах. Именно тренировка ИИ обучает его отличать эти сигналы.

Сначала биофизики освоили детектирование митохондриальных делений. Они непредсказуемы, случаются спонтанно и могут произойти буквально везде, где присутствуют эти клеточные органеллы. Ученые натренировали нейросеть анализировать и замечать небольшие изменения формы митохондрий, обычно предшествующие делению, и одновременно фиксировать в местах делений повышенную концентрацию специфических белков. При удовлетворении обоих условий микроскоп переходит в режим скоростной съемки и получает детальную картину процесса.

«Мы фиксируем больше явлений, замечаем более мелкие изменения и получаем гораздо более детальную картину процесса, чем обычно», — говорит Сулиана Мэнли. Метод работает и при делении бактерий. В обоих случаях ученым удалось фиксировать деления при скоростях, соответствующих их характерным динамическим шкалам.

Авторы выложили свои программы в открытый доступ. Любой желающий может скачать их в виде соответствующих плагинов с открытым кодом, предназначенных для свободно распространяемого пакета бесплатных программ Micro-Manager. Это даст возможность всем желающим интегрировать ИИ в работу своих микроскопов.


Nature Methods, 08, 09, 2022

Разные разности
Солнечные батареи отбрасывают тень
Исследователи из Корнельского университета детально исследовали, как изменяется жизнь водоема, на поверхности которого лежат солнечные панели.
Песни китов похожи на человеческую речь
Какой язык более эффективен? Тот, в котором слова короче. Во-первых, на их произношение человек тратит меньше энергии и меньше времени. А во-вторых, короткие слова легче воспринимать. Как выяснилось, и горбатым китам не чужда эта премудрость.
Ивановские нанотехнологии работают!
Химики всегда занимались нанотехнологиями, потому что постоянно манипулировали молекулами и атомами, молекулярными кластерами и комплексами (а это все нанообъекты). Всегда занимались нанотехнологиями и в Ивановском химико-технологическом университете...
Умные российские стекла
Под американские санкции неожиданно попала никому не известная в России маленькая наукоемкая компания «Октогласс». Ее основали в 2017 году молодые специалисты и предприниматели, выпускники МИФИ, СамГТУ и МИРЭА. Чем же наши молодые разр...